三个月宝宝咳嗽有痰音，可能是以下原因引起：
1.呼吸道感染：宝宝的呼吸道比较脆弱，容易受到感染，如感冒、肺炎等，都可能导致咳嗽有痰音。
2.过敏：宝宝对某些物质过敏，如花粉、尘螨等，也可能引起咳嗽有痰音。
3.气管食管瘘：这是一种先天性疾病，由于气管和食管之间存在瘘道，导致食物或分泌物进入气管，引起咳嗽有痰音。
4.其他：如心脏疾病、胃食管反流等，也可能导致宝宝咳嗽有痰音。
针对宝宝咳嗽有痰音的情况，可以采取以下措施：
1.保持空气湿润：可以使用加湿器增加空气湿度，有助于缓解咳嗽和化痰。
2.拍背：让宝宝侧卧或抱起，轻轻拍打宝宝的背部，有助于痰液排出。
3.多喝水：多喝水可以帮助稀释痰液，促进痰液咳出。
4.观察病情：如果宝宝咳嗽有痰音持续时间较长或伴有其他症状，如发热、呼吸急促等，应及时就医。
需要注意的是，三个月的宝宝还比较小，身体抵抗力较弱，如果出现咳嗽有痰音的情况，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，家长也要注意保持宝宝的个人卫生，勤洗手，避免带宝宝去人员密集的场所，以预防感染。