三个月宝宝咳嗽喉咙有痰，可能是以下原因引起的：
1.呼吸道感染：三个月的宝宝免疫系统尚未完全发育成熟，容易受到病毒或细菌感染，导致呼吸道炎症，从而引起咳嗽和喉咙有痰。
2.过敏：宝宝可能对空气中的过敏原，如尘螨、花粉、宠物毛发等过敏，引起呼吸道过敏反应，导致咳嗽和喉咙有痰。
3.鼻腔分泌物倒流：宝宝的鼻腔较小，容易堵塞，分泌物可能倒流到喉咙，引起咳嗽和喉咙有痰。
4.呛咳：宝宝在吃奶或喝水时，可能会呛到，导致咳嗽和喉咙有痰。
5.其他：如先天性心脏病、气管食管瘘等疾病，也可能导致宝宝咳嗽喉咙有痰。
针对宝宝咳嗽喉咙有痰的情况，可以采取以下措施进行缓解：
1.保持空气湿润：可以使用加湿器增加空气湿度，有助于缓解喉咙不适。
2.拍背：让宝宝侧卧或抱起，家长用空心掌轻轻拍打宝宝的背部，有助于痰液排出。
3.多喝水：可以让宝宝多喝水，有助于稀释痰液，促进痰液排出。
4.调整饮食：如果宝宝是母乳喂养，妈妈应注意饮食清淡，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物；如果宝宝已经开始添加辅食，可以适当增加水分摄入。
5.就医：如果宝宝咳嗽喉咙有痰的症状持续时间较长或伴有其他症状，如发热、呼吸急促、喘息等，应及时就医，以便明确病因，采取相应的治疗措施。
需要注意的是，三个月的宝宝身体抵抗力较弱，咳嗽喉咙有痰可能会影响宝宝的呼吸和睡眠，甚至导致病情加重。因此，如果家长发现宝宝有咳嗽喉咙有痰的症状，应密切观察宝宝的情况，如有必要，及时就医。同时，在就医过程中，应如实告知医生宝宝的症状和病史，以便医生做出准确的诊断和治疗。