发烧时全身酸痛主要是因为身体被病原体感染后，免疫系统被激活，会产生前列腺素等物质，这些物质会刺激神经末梢，导致全身酸痛，尤其是肌肉较多的部位。一般来说，这种全身酸痛会随着体温下降逐渐缓解。
身体代谢变化引发酸痛
肌肉代谢加快： 发烧时，身体代谢率升高，肌肉细胞会加速代谢，产生更多乳酸等代谢产物。当乳酸堆积过多时，就会刺激神经，引起酸痛感。比如流感病毒感染引发发烧时，就常伴随全身肌肉的这种代谢变化导致的酸痛。能量消耗影响： 发烧时身体处于应激状态，能量消耗增加，肌肉在持续的工作状态下容易出现疲劳和酸痛。就像人进行了高强度运动后肌肉会累会酸一样，只是发烧时是身体自身代谢紊乱导致的类似情况。
炎症反应导致酸痛
免疫细胞活跃引发炎症： 人体感染病原体后，免疫细胞会大量聚集到感染部位，参与免疫反应，这个过程中会释放炎症介质。这些炎症介质会刺激周围的神经，使得肌肉等组织产生酸痛感。例如细菌感染引起发烧，炎症介质的释放就会让全身肌肉感觉酸痛不适。关节周围组织受影响： 发烧时，关节周围的组织也会受到炎症影响，关节周围的肌肉、韧带等组织因为炎症刺激而出现酸痛。像风湿热患者发烧时，除了全身酸痛，关节部位也会有明显的酸痛感。
神经系统敏感加剧酸痛
神经敏感度提升： 发烧时体温升高会影响神经系统的敏感性，使得神经对疼痛的感知更加敏锐。原本不太明显的肌肉酸痛信号，在神经敏感度提高后会被放大，让人感觉全身酸痛更加明显。比如普通感冒发烧时，即使肌肉酸痛程度不是特别严重，也会因为神经敏感度变化而感觉酸痛较为明显。中枢神经系统参与： 发烧会影响中枢神经系统的功能，中枢神经系统对身体各个部位的感觉调控也会出现变化，进而导致全身酸痛的感觉。当体温调节中枢紊乱时，对肌肉等组织的感觉反馈也会异常，加重酸痛感。