一般来说，怀孕40天做B超不一定能看到孕囊。
怀孕40天时，孕囊可能还太小，B超可能无法清晰显示。孕囊是怀孕最初的形态，是原始的胎盘组织，被羊膜、血管网包裹的小胚胎。通常情况下，怀孕35天左右，B超可在宫腔内看到孕囊；怀孕42天左右，可看到胎芽和原始心管搏动。
但具体情况因人而异，有些女性月经周期不规律，排卵较晚，受孕时间也会相应推迟，此时孕囊可能还未到达宫腔，或者虽然已经到达宫腔，但孕囊较小，B超也可能无法看到。
此外，宫外孕也可能导致孕囊在宫腔外着床，B超同样无法看到。
如果没有腹痛、阴道流血等异常情况，医生一般会建议在怀孕50天左右进行B超检查，此时孕囊通常已经发育到一定大小，B超可以更清楚地看到孕囊的位置、大小、形态以及胎芽和胎心搏动情况，从而确定是否为正常宫内妊娠。
需要注意的是，B超检查对胎儿没有不良影响，但也不宜过于频繁。如果对怀孕情况有任何疑问，应及时咨询医生，医生会根据个人情况提供具体的建议和指导。同时，在孕早期，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持良好的心态，有助于胎儿的健康发育。