做肠镜检查一般来说风险较低，但也可能存在一些相对较轻微的危害。通常严重危害发生概率较低，大概在1%以下。
检查过程中的不适
肠道充气带来的腹胀： 在做肠镜检查时，需要向肠道内充气，以便更好地观察肠道黏膜，这可能会让受检者感到腹胀，一般检查结束后，随着气体排出，腹胀感会逐渐缓解。疼痛不适： 对于肠道较为敏感或者肠道存在狭窄、粘连等情况的人，可能会在进镜过程中感到不同程度的疼痛，不过现在有无痛肠镜，通过静脉注射麻醉药物，受检者在睡眠状态下完成检查，能避免疼痛不适。
术后可能出现的情况
少量出血： 肠镜检查时如果取了组织进行活检或者对一些小息肉进行了切除，可能会有少量的出血，一般来说出血量很少，大多能自行停止。通常在检查后的1 - 2天内就会恢复正常。腹痛： 少数人在检查后可能会出现腹痛的情况，可能是因为肠镜操作对肠道有一定刺激引起的，大部分人腹痛症状较轻，休息一段时间或者通过适当的腹部按摩等能缓解。如果腹痛持续不缓解或者加重，需要及时就医。
检查本身的风险
肠道穿孔： 这是比较严重的并发症，但发生概率极低，大概在0.1%左右。一般是在肠道存在严重病变，如肠道肿瘤导致肠壁菲薄等情况下，肠镜操作可能会导致穿孔。不过现在医生会严格掌握肠镜检查的适应证，并且操作熟练，能大大降低这种风险。感染风险： 虽然概率很低，但如果肠镜消毒不彻底等情况，有可能会引起肠道感染，不过正规医疗机构都会严格按照消毒流程进行操作，所以这种风险也可以有效控制。