做肠镜一般来说风险较低，但也可能存在一些潜在危害。总体而言，严重并发症的发生概率较低，大约在0.1%~0.5%左右。
可能出现的肠道损伤
轻微黏膜擦伤： 在肠镜检查过程中，可能会导致肠道黏膜轻微擦伤，这种情况较为常见，通常能自行修复，一般不会引起严重后果。严重穿孔风险： 虽然发生概率极低，但如果操作不规范或患者肠道存在特殊情况，比如肠道有严重粘连、狭窄等，就有可能出现肠道穿孔，不过这种情况通过及时处理大多也能转危为安。
身体不适反应
腹胀腹痛： 检查前需要进行肠道准备，服用泻药可能会引起腹胀，检查时因为充气等操作也可能导致短时间的腹痛，一般检查结束后短时间内可缓解。恶心呕吐： 部分人对肠镜检查过程中的刺激比较敏感，可能会出现恶心、呕吐的情况，尤其是在插入肠镜时，这种反应一般在检查结束后会逐渐消失。
麻醉相关风险（全麻情况下）
呼吸抑制： 如果是选择全麻做肠镜，就存在呼吸抑制的风险，不过现在全麻技术比较成熟，麻醉医生会严格把控药物剂量等，这种风险发生概率很低。过敏反应： 极少数人可能对麻醉药物过敏，虽然发生概率极低，但一旦出现过敏情况需要及时进行抢救处理。
心理方面影响
心理阴影： 部分人可能会对肠镜检查产生心理阴影，尤其是经历过检查过程中不适的人，可能会在之后抵触再次进行肠镜检查，但其实现在肠镜检查技术不断改进，检查的舒适度也有所提高。