女性使用左旋肉碱减肥可能存在一些副作用。一般来说，正常剂量下可能出现胃肠道不适，约有10%左右的人服用后会出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。
胃肠道方面的副作用
胃肠不适反应： 部分女性服用左旋肉碱后会出现胃肠道反应，比如恶心，有的女性服用后会感觉胃部有不适的恶心感，影响食欲；还有可能出现呕吐，严重时可能会在进食后不久就发生呕吐现象；腹痛也是常见的，可能表现为腹部隐隐作痛或者阵发性的绞痛；腹泻也较为常见，每天可能会出现数次稀便，影响日常生活。
神经系统相关副作用
睡眠问题： 大约有5% - 8%的女性使用左旋肉碱后会出现睡眠方面的问题。可能表现为入睡困难，原本能较快入睡的女性，服用后需要很长时间才能躺在床上进入睡眠状态；或者睡眠浅，容易被轻微的声响等惊醒，导致睡眠质量下降，第二天精神状态不佳。头晕情况： 少数女性会出现头晕症状，可能在站立起来的时候感觉头晕，这是因为左旋肉碱可能影响了血液循环的调节，导致脑部供血暂时不足，从而引起头晕感。
对代谢系统的潜在影响
肾脏负担： 长期大量使用左旋肉碱可能会对肾脏造成一定负担。虽然正常剂量下肾脏能够代谢，但如果过量服用，超过了肾脏的代谢能力，就可能增加肾脏过滤和排泄的压力，长期以往可能会影响肾脏的正常功能。不过一般正常按照推荐剂量服用时，这种风险相对较低，但仍需注意。内分泌干扰： 有研究发现，过量的左旋肉碱可能会对内分泌系统产生一定干扰。比如可能影响激素的分泌平衡，虽然这种情况相对较少见，但对于本身内分泌就不太稳定的女性来说，需要谨慎使用左旋肉碱减肥，以免进一步打乱内分泌状态。