再生障碍性贫血的治疗需根据病情等多因素综合判断，一般可通过支持治疗、免疫抑制治疗、促造血治疗等方式。比如免疫抑制治疗中常用抗淋巴细胞球蛋白等药物。
支持治疗
成分输血： 对于重度贫血患者，血红蛋白低于60g/L且有明显贫血症状时，需输注红细胞，维持血红蛋白在60-100g/L左右。血小板低于20×10⁹/L伴有出血倾向时，要输注血小板。控制感染： 若患者出现发热等感染表现，需积极寻找感染源，如细菌感染可根据药敏试验选用合适抗生素，一般要尽快明确病原体并针对性用药控制感染。
免疫抑制治疗
抗淋巴细胞球蛋白（ALG）或抗胸腺细胞球蛋白（ATG）： 多用于重型再生障碍性贫血。ALG一般猪源的剂量为15-20mg/(kg·d)，连用4天；马源的剂量为5-10mg/(kg·d)，连用5天。通过抑制T淋巴细胞介导的免疫反应来发挥作用。环孢素： 是常用的免疫抑制剂，可口服，剂量一般为3-5mg/(kg·d)，需监测血药浓度，维持血药浓度在100-200ng/ml左右，通过抑制T淋巴细胞活化来治疗再生障碍性贫血。
促造血治疗
雄激素： 如司坦唑醇，成人剂量一般为2mg，每日3次口服。可刺激肾脏产生促红细胞生成素，并直接作用于骨髓促进红细胞生成。造血生长因子： 常用粒细胞集落刺激因子（G-CSF），剂量为5μg/(kg·d)，皮下注射，可促进粒细胞增殖、分化与成熟；红细胞生成素（EPO）剂量为150U/(kg·w)，皮下注射，每周3次，促进红细胞生成。