氟康唑和伊曲康唑的区别主要体现在以下几个方面：
1.化学结构：氟康唑是一种三唑类抗真菌药物，伊曲康唑是一种合成的三唑类抗真菌药物。
2.作用机制：两者作用机制相似，均通过抑制真菌细胞色素P450依赖酶，影响真菌细胞膜的合成而发挥作用。
3.适应症：氟康唑对多种深部和浅表真菌感染均有良好的治疗效果，尤其对念珠菌属和隐球菌属感染的疗效更为显著；伊曲康唑对多种深部和浅表真菌感染均有良好的治疗效果，尤其对曲霉属感染的疗效更为显著。
4.不良反应：氟康唑的优点是口服吸收良好，生物利用度高，半衰期较长，使用方便。但氟康唑也有一些不足之处，如对曲霉属感染的疗效不如伊曲康唑，且容易发生耐药；伊曲康唑的优点是对曲霉属感染的疗效较好，且不易发生耐药。但伊曲康唑的口服吸收较差，生物利用度较低，需要与食物同服，且使用不当可能会导致肝损伤等不良反应。