抗菌药物在治疗细菌感染方面发挥重要作用，但也存在一些副作用。比如约有5% - 10%的人使用青霉素类药物可能出现过敏反应，轻者表现为皮疹、瘙痒，重者可导致过敏性休克，危及生命。
胃肠道反应：
恶心呕吐： 不少人使用抗菌药物后会出现恶心、呕吐的情况，像大环内酯类抗生素，如红霉素，就比较容易引发这类症状。这是因为药物刺激了胃肠道黏膜，影响了胃肠道的正常蠕动和消化功能。腹泻： 有些抗菌药物会破坏肠道内正常的菌群平衡，比如广谱抗菌药物，像头孢菌素类，长期或大量使用时，就可能导致肠道有益菌减少，有害菌趁机繁殖，从而引起腹泻。轻者可能每天腹泻几次，重者可能腹泻频繁，影响身体的营养吸收和水分平衡。
肝肾功能损害：
对肝脏的影响： 部分抗菌药物需要经过肝脏代谢，可能会对肝脏造成一定负担。例如异烟肼，长期使用可能会引起肝功能异常，表现为转氨酶升高等。这是因为药物在代谢过程中产生的某些物质可能会损伤肝细胞。对肾脏的影响： 一些抗菌药物经肾脏排泄，可能会损害肾脏功能。像氨基糖苷类抗生素，如庆大霉素，长期使用或大剂量使用时，可能会导致肾小管损伤，出现蛋白尿、血尿等情况，影响肾脏的正常过滤和排泄功能。
神经系统反应：
中枢神经系统症状： 某些抗菌药物可能会影响中枢神经系统，比如喹诺酮类药物，个别患者使用后可能会出现头晕、头痛、嗜睡甚至抽搐等症状。这是因为药物通过血脑屏障进入中枢神经系统，干扰了神经细胞的正常功能。周围神经系统症状： 像异烟肼等药物，长期使用可能会引起周围神经炎，表现为手脚麻木、感觉异常等。这是由于药物影响了周围神经的正常代谢和传导功能。
血液系统反应：
白细胞减少： 部分抗菌药物可能会抑制骨髓的造血功能，导致白细胞减少。例如氯霉素，它可能会使白细胞数量下降，使人体的抵抗力降低，容易发生感染等情况。血小板减少： 少数抗菌药物还可能引起血小板减少，导致凝血功能异常，出现皮肤瘀点、瘀斑等症状。比如磺胺类药物，个别患者使用后可能会出现这种血液系统的不良反应。