做无痛肠镜一般来说风险较低，但也存在一定可能性。通常正规操作下，其严重风险发生概率低于1%。
无痛肠镜的麻醉风险
药物过敏风险： 虽然发生概率较低，但少数人可能对麻醉药物过敏，不过现在会在检查前详细询问过敏史并做相关评估来尽量规避。呼吸抑制风险： 无痛肠镜需使用麻醉药物，可能会短暂影响呼吸，但专业的麻醉医生会全程监测，通过调节用药剂量等方式将这种风险控制在很低的程度，一般能及时发现并处理。
患者自身状况带来的风险
心肺功能不佳者： 比如有严重冠心病、慢性阻塞性肺疾病等心肺功能不全的患者，做无痛肠镜时因为麻醉药物的影响，可能会加重心肺负担。但在检查前医生会对这类患者进行全面评估，若病情不稳定可能会建议暂缓检查。肠道准备不充分者： 如果患者肠道清洁度不够，会影响肠镜观察，增加操作难度，不过这不属于麻醉相关风险，但也是需要患者配合做好肠道准备的原因。
操作过程中的风险
肠道穿孔风险： 虽然发生几率很低，但在肠镜操作时，尤其是患者肠道有粘连等特殊情况时，有极小概率出现肠道穿孔。不过经验丰富的内镜医生会尽量避免这种情况，操作时会轻柔缓慢推进肠镜。出血风险： 若在肠镜检查中需要取组织活检等，可能会有少量出血，大多能自行停止，但对于本身有凝血功能障碍的患者，出血风险相对高一些，检查前医生也会评估患者凝血情况。