无痛肠镜一般来说风险较低，但也存在一定潜在风险。通常正规操作下，其发生严重危险的概率较低，大约在千分之几的范围，但具体情况因人而异。
无痛肠镜的麻醉风险
药物过敏风险： 部分人可能对无痛肠镜所使用的麻醉药物过敏，不过在检查前医生会详细询问过敏史，并进行相关皮试等评估，能大大降低过敏发生的几率。比如会询问患者是否对丙泊酚等常用麻醉药物有过敏情况。呼吸抑制风险： 麻醉药物可能会引起呼吸抑制，不过在无痛肠镜检查过程中，医护人员会密切监测患者的呼吸、心率等生命体征，一旦出现呼吸抑制等情况会及时采取措施进行处理，如面罩给氧等。
肠道准备相关风险
肠道准备不充分风险： 如果肠道准备不充分，会影响肠镜观察，可能需要重新进行检查。一般要求检查前严格按照医嘱进行肠道清洁，比如检查前1 - 2天进食少渣半流质饮食，检查前4 - 6小时开始服用泻药，并且要大量饮水，保证肠道尽量排空。水电解质紊乱风险： 大量服用泻药可能会导致水电解质紊乱，尤其是对于一些年老体弱、有基础疾病（如心肾功能不全等）的患者。但只要按照正确的肠道准备方法进行，并且在准备过程中适当补充水分，这种风险是可以有效控制的。
肠镜操作相关风险
肠穿孔风险： 虽然发生概率很低，但在肠镜操作过程中，有可能因操作不当导致肠穿孔。不过经验丰富的内镜医生会尽量避免这种情况发生，在操作前会评估肠道情况，对于有肠道粘连等复杂情况的患者会更加谨慎操作。出血风险： 肠镜操作时可能会导致肠道黏膜少量出血，一般可以自行止血，但对于一些肠道病变较明显或者操作较困难的情况，出血风险会相对增加。医生会根据操作情况进行相应处理，如必要时使用止血药物等。