反流性食道炎主要是由于抗反流屏障结构与功能异常、食管清除作用降低、食管黏膜防御屏障作用减弱等因素，使得胃十二指肠内容物反流入食管，损伤食管黏膜引发炎症。
抗反流屏障异常
食管下括约肌（LES）是食管与胃相连处的一组环形肌束，正常情况下收缩可防止胃内容物反流。当LES压力降低，如某些激素影响、食物因素（高脂饮食等），就易导致反流发生，引发反流性食道炎。比如肥胖人群，腹部脂肪堆积可能使LES压力降低，增加反流风险。
食管清除作用降低
正常情况下，食管通过蠕动等方式清除反流物。当食管蠕动异常、唾液分泌减少等，会使食管清除反流物的能力下降，让反流物在食管内停留时间延长，对食管黏膜刺激增加，从而引发反流性食道炎。老年人食管蠕动功能可能减退，就更易出现这种情况。
食管黏膜防御屏障减弱
食管黏膜的屏障包括上皮前、上皮、上皮后三层防御机制。当这一屏障减弱，如长期吸烟、饮酒等，会使食管黏膜对反流物的抵抗能力降低，容易受到反流物的损伤，引发反流性食道炎。长期吸烟的人，烟草中的成分会损害食管黏膜屏障。
其他因素
某些疾病（如糖尿病等）、妊娠、腹腔积液等情况，也可能通过影响抗反流屏障或食管清除等功能，导致反流性食道炎的发生。糖尿病患者自主神经病变可能影响食管蠕动等功能，增加反流风险。