乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效手段，但部分人接种后可能出现不良反应。一般来说，乙脑疫苗的不良反应发生率较低，多数较为轻微。
局部不良反应
注射部位红肿：接种乙脑疫苗后，少数人会出现注射部位红肿，一般红肿范围较小，直径多在2~5厘米左右，通常1~2天内可自行消退。疼痛：接种处可能有轻微疼痛，多数人可耐受，不需要特殊处理，1~2天内会缓解。
全身不良反应
发热：约有5%~10%的人接种后会出现发热，一般为低热，体温多在37.5~38.5℃之间，持续时间较短，大多1~2天可自行退热。轻度全身不适：部分人可能出现轻度的全身不适，如乏力、头痛等，一般程度较轻，不影响日常生活，多在1~3天内逐渐消失。
罕见不良反应
过敏反应：虽然罕见，但也有个别情况会出现过敏反应，如皮疹、瘙痒等。严重的过敏反应极为少见，表现为面色苍白、呼吸急促、心跳加快等，若出现此类情况需立即就医处理。神经系统反应：极个别情况下可能出现神经系统相关反应，如头晕等，但一般症状较轻，经过休息等处理可逐渐恢复。需要注意的是，大多数不良反应是暂时且轻微的。接种乙脑疫苗后要在接种点留观30分钟，以便出现严重不良反应时能及时处理。如果出现较为严重或持续不缓解的不良反应，应及时就医，并向医生详细告知接种疫苗的情况。