小儿川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。目前认为小儿川崎病的发生可能是由多种因素共同作用引起，比如可能有大约1% - 2%的患儿可能与特定病原体感染有关。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，某些病毒感染可能与川崎病的发生有关。比如EB病毒、逆转录病毒等，它们可能通过引发机体的免疫反应，进而导致川崎病的出现。不过具体的病毒感染机制还在进一步研究中。细菌感染： 部分细菌感染也被怀疑与川崎病有联系。像链球菌感染等，细菌感染后可能激活机体的免疫系统，使得免疫系统出现异常的免疫应答，从而引发川崎病相关的炎症反应。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 小儿川崎病患儿体内的免疫系统会出现过度激活的情况。例如，T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会被异常激活，导致大量炎症因子释放，如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6等炎症因子增多，这些炎症因子会引起血管的炎症反应，最终导致血管炎的发生，这也是川崎病出现血管病变等一系列表现的重要原因。自身免疫反应： 患儿的免疫系统可能把自身血管当作外来异物进行攻击，引发自身免疫性炎症。这种自身免疫反应会持续损伤血管，尤其是中小动脉，比如冠状动脉等血管容易受到影响，进而出现冠状动脉扩张、冠状动脉瘤等严重并发症。
遗传因素相关
遗传易感性： 有研究发现，小儿川崎病具有一定的遗传易感性。某些基因的突变或多态性可能会增加孩子患川崎病的风险。比如一些与免疫调节相关的基因，如果存在特定的变异，就可能使得孩子在接触到相关致病因素时更容易发生川崎病。不过目前关于具体的相关基因及其作用机制还在深入探索中。