打喷嚏有异味可能由多种原因引起。比如口腔卫生问题，若口腔清洁不到位，食物残渣在口腔内滋生细菌，经过一夜或一段时间的停留，就可能导致打喷嚏时带有异味，一般来说，每天至少要刷牙2次，每次刷牙时间不少于3分钟。
鼻腔感染因素
鼻窦炎： 当鼻窦发生炎症时，鼻窦内会有脓性分泌物积聚，这些分泌物中的细菌等微生物分解有机物，就会产生异味，进而导致打喷嚏时带有异味。鼻窦炎患者可能还会伴有鼻塞、流涕、头痛等症状，病程可能持续数周甚至更长时间。真菌性鼻窦炎： 真菌感染鼻窦后，真菌在鼻窦内生长繁殖，会产生特殊的代谢产物，也会引起打喷嚏有异味，这种情况相对较少见，但一旦发生需要及时就医处理。
呼吸道其他问题
扁桃体炎： 扁桃体表面如果有隐窝，隐窝内可能会积存食物残渣、细菌等，当发生扁桃体炎时，这些物质发酵等会产生异味，在打喷嚏时可能会带出异味。扁桃体炎患者可能会感觉咽喉部不适、疼痛，吞咽时可能会有异物感等。肺部感染： 严重的肺部感染时，肺部组织发生病变，也可能影响到呼吸道的气味，导致打喷嚏有异味。不过肺部感染通常还会伴有咳嗽、咳痰、发热等较明显的症状，如肺炎患者可能会咳出脓性痰，体温可能会升高到38℃以上甚至更高。
全身性疾病影响
糖尿病酮症酸中毒： 糖尿病患者如果血糖控制不佳，出现酮症酸中毒时，体内会产生酮体，呼气中可能会带有烂苹果味，打喷嚏时也可能会有类似异味。这类患者通常还会有多饮、多食、多尿、体重减轻等糖尿病症状加重的表现，并且可能会出现意识障碍等严重情况。胃肠道疾病： 如反流性食管炎，胃酸反流至食管甚至口腔，经过发酵等可能会导致口腔有异味，进而在打喷嚏时也能感觉到异味。反流性食管炎患者常表现为烧心、反酸，可在进食后、平卧时加重等。