碎石治疗可能会对身体带来一些危害，比如可能导致局部组织损伤，有资料显示，约5% - 10%的患者在碎石后会出现肉眼血尿，一般1 - 2天可自行消失，但如果损伤较严重，血尿可能持续时间更长。
肾脏方面的危害
局部黏膜损伤： 体外冲击波碎石时，冲击波会经过人体组织到达结石部位，可能会造成肾脏局部黏膜的损伤，出现水肿、出血等情况。如果结石位置特殊，对肾脏实质的损伤风险会相对较高。肾脏感染风险增加： 碎石后肾脏局部有损伤，就为细菌入侵创造了一定条件，可能导致肾脏感染。一旦发生感染，患者会出现发热、腰痛等症状，严重的还可能引发肾盂肾炎等较为严重的感染性疾病。
尿道方面的危害
尿道黏膜擦伤： 当结石通过尿道排出体外时，可能会擦伤尿道黏膜。如果结石较大或者形状不规则，这种擦伤的风险会增大，患者会感觉尿道疼痛，还可能出现尿道出血的情况。尿道梗阻： 碎石后较小的结石碎片在排出过程中，有可能在尿道某个狭窄部位卡顿，引起尿道梗阻，导致排尿困难，甚至尿潴留。
身体整体的危害
疼痛不适： 无论是肾脏部位还是尿道部位受到影响，患者都会感觉到疼痛。肾脏碎石后可能会有腰部胀痛，尿道擦伤或梗阻时会有尿道疼痛，这种疼痛会让患者身体不适，影响生活质量，严重的疼痛还可能导致患者出现焦虑等情绪问题。身体应激反应： 碎石对身体造成损伤后，身体会有应激反应，可能会出现发热等情况。一般是轻度发热，是身体对损伤的一种免疫反应，但如果发热持续不退或者体温过高，就需要引起重视，排查是否有感染等并发症。