一、麻醉相关风险
无痛胃镜肠镜需使用镇静麻醉药物，部分人群可能对药物存在过敏反应，表现为皮疹、呼吸困难等症状，有明确麻醉药物过敏史者风险显著升高；同时，麻醉药物可能抑制呼吸、循环功能，对于本身存在心肺基础疾病（如冠心病、慢性阻塞性肺疾病等）的患者，易引发血氧饱和度下降、心率失常等问题，此类患者因心肺储备功能差，耐受麻醉药物的能力较弱，风险相对更高。
二、操作相关风险
尽管发生概率较低，但无痛胃镜肠镜操作仍存在消化道穿孔、出血等风险。若患者肠道准备不充分，会影响内镜观察，增加操作难度，进而提升穿孔风险；而对于本身肠道存在病变（如肿瘤、严重炎症等）的患者，操作过程中触碰病变部位可能导致出血等情况，尤其当病变部位组织脆弱时，风险更易发生。
三、特殊人群风险差异及应对
老年人：随着年龄增长，各器官功能减退，对麻醉药物的代谢及耐受能力下降，麻醉相关风险相对更高。在进行无痛胃镜肠镜前，需更细致评估心肺功能等基础状况，充分做好术前准备，密切监测术中生命体征。
儿童：由于儿童器官发育未成熟，一般不首选无痛内镜检查，若确需进行，需严格把控适应证，充分评估风险，且需由经验丰富的麻醉医生及内镜医生操作，谨慎选择合适的麻醉药物及剂量。
妊娠期女性：除非病情极为必要，应避免无痛胃镜肠镜检查，因麻醉药物可能通过胎盘影响胎儿发育，需权衡检查必要性与胎儿潜在风险后再做决策。