治疗乙肝小三阳并没有绝对最好的药，一般常用的药物有核苷（酸）类似物和干扰素类药物。比如恩替卡韦属于核苷（酸）类似物，它能抑制乙肝病毒的复制，通常需要长期服用，部分患者规范用药后病毒复制能得到较好抑制。
核苷（酸）类似物药物特点
恩替卡韦： 是常用的核苷（酸）类似物，能强效抑制乙肝病毒复制，耐药发生率相对较低，但需要长期服用，不能随意停药，否则可能导致病情反弹。替诺福韦酯： 也是核苷（酸）类似物，对乙肝病毒的抑制作用较强，不仅可以用于乙肝小三阳患者，对于有肾功能损害风险的患者也有一定优势，不过长期使用可能对肾功能有一定影响，用药期间需监测肾功能。
干扰素类药物特点
普通干扰素： 需要每周皮下注射，用药过程中可能会出现流感样症状，如发热、头痛、肌肉酸痛等，还可能引起血象变化等不良反应，但部分患者停药后有机会实现乙肝表面抗原转阴，不过适用人群相对较窄，需要评估患者的身体状况等。聚乙二醇干扰素： 是长效干扰素，每周注射一次，相比普通干扰素，不良反应相对较轻，但价格相对较高，同样需要评估患者的身体状况等才能使用。
特殊人群用药注意事项
孕妇： 乙肝小三阳患者如果是孕妇，使用抗病毒药物需要非常谨慎，一般不建议使用核苷（酸）类似物等药物，需由医生根据具体情况评估是否进行母婴阻断等处理，因为很多抗病毒药物可能会对胎儿产生影响。儿童： 儿童乙肝小三阳患者用药需格外谨慎，一般要根据儿童的年龄、体重等情况，在医生严格评估后选择合适的药物，不能随意使用成人的抗病毒药物，以免影响儿童生长发育等。