不知道自己怀孕了吃了药，先别慌，应尽快就医，并告知医生自己的末次月经时间、用药时间、药名及剂量等信息，医生会根据这些信息进行评估，包括药物的种类、对胚胎的致畸风险等，并给出相应的建议。
一般来说，如果是在末次月经后的2周内服用的药物，此时受精卵还没有着床，药物对胚胎的影响是“全或无”的，即要么会导致流产，要么不会影响胚胎发育，一般不需要采取特殊的处理措施；如果是在末次月经后的3-8周内服用的药物，此时胚胎正处于器官分化期，对药物比较敏感，可能会导致胎儿畸形，但也不是绝对的，需要结合具体情况进行判断。
此外，在孕期，尤其是孕早期，应尽量避免服用药物，如果需要用药，应在医生的指导下使用，避免自行用药。同时，要注意补充叶酸，预防神经管畸形，定期进行产前检查，密切关注胎儿的发育情况。
总之，不知道自己怀孕了吃了药，应及时就医，遵医嘱进行处理。