先天性心脏病是胎儿时期心脏血管发育异常所致的心血管畸形，其发生原因较为复杂，可能与多种因素有关。据统计，先天性心脏病的发生率约为活产婴儿的0.4%~1%。
遗传因素相关
基因变异影响： 部分先天性心脏病与遗传基因变异有关。如果家族中有先天性心脏病患者，那么其后代患病的风险会相对增加。比如某些单基因遗传疾病，会使染色体上的基因发生突变，从而干扰心脏正常的发育过程。染色体异常关联： 染色体数目或结构的异常也可能引发先天性心脏病。例如21 - 三体综合征（唐氏综合征）患儿，常常合并有先天性心脏病，约50%的唐氏综合征患儿伴有心内膜垫缺损、室间隔缺损等心脏畸形。
环境因素影响
母体孕期感染： 孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒，在怀孕早期（尤其是妊娠前3个月）感染风疹病毒，胎儿患先天性心脏病的几率会明显升高。因为风疹病毒可影响胎儿心脏的发育，导致心脏结构出现异常。另外，孕妇感染巨细胞病毒、流感病毒等，也可能对胎儿心脏发育产生不良影响。母体孕期接触不良物质： 孕妇在孕期接触放射性物质，像在妊娠早期接触过X射线等放射性较强的物质，会增加胎儿患先天性心脏病的风险。还有，孕妇长期处于污染的环境中，接触化学毒物，如农药、某些工业化学制剂等，也可能干扰胎儿心脏的正常发育。
其他相关因素
孕期不良生活习惯： 孕妇孕期吸烟、酗酒也与先天性心脏病的发生有关。孕妇吸烟会使烟草中的有害物质通过胎盘影响胎儿，导致胎儿缺氧，影响心脏发育；孕妇酗酒则可能造成胎儿酒精综合征，增加胎儿患先天性心脏病的可能性。糖尿病影响： 孕妇患有糖尿病，尤其是未控制好血糖的孕妇，其胎儿发生先天性心脏病的风险比正常孕妇高2~3倍。高血糖环境会影响胎儿心脏的发育进程，导致心脏结构出现异常。