由于CT和核磁共振检查的基本原理不同，所以两者之间各有优缺点，因此做了CT之后，是否需要再做核磁共振检查，要根据诊断何种疾病来定。
比如急性颅脑损伤、颅骨骨折、颅内钙化灶、急性脑出血，CT检查效果更清楚，行CT检查之后，一般不需要再行核磁共振；
由于核磁共振检查颅脑病变不出现颅骨伪影，所以可以清晰显示CT不易检查出的脑干和后颅窝病变，如果要考虑脑梗死（核磁共振检查发现脑梗死病灶在时间上要比CT早很多，在部位上也比CT精准的多）、脱髓鞘、变性病、肿瘤、炎症等病变时，即便做了CT检查，也应该再行核磁共振，避免漏诊和误诊。