头疼时，核磁共振（MRI）和CT检查都是常用的影像学检查方法，它们各有优缺点，医生会根据具体情况来选择最适合的检查。
一般来说，如果医生怀疑存在以下情况，可能会首先选择MRI检查：
神经系统疾病：如脑肿瘤、脑炎、脑梗死、脑出血等。
血管性疾病：如动脉瘤、血管畸形等。
脊髓疾病：如脊髓肿瘤、脊髓炎等。
其他：如脑白质病变、脑积水等。
如果医生怀疑存在以下情况，可能会首先选择CT检查：
头部外伤：如颅骨骨折、颅内血肿等。
急xing脑血管病：如脑梗死、脑出血等。
颅内感染：如脑炎、脑膜炎等。
其他：如脑积水、颅内钙化等。
此外，如果患者对MRI检查有禁忌证，如体内有金属植入物、幽闭恐惧症等，医生可能会选择CT检查。
需要注意的是，以上只是一般情况下的选择，具体的检查方法还需要根据患者的具体情况、医生的经验和医院的设备等来决定。在决定做哪种检查之前，患者可以与医生充分沟通，了解每种检查的优缺点，然后根据自己的情况做出选择。
总之，头疼时选择做核磁共振还是CT，需要根据具体情况来决定。患者可以与医生充分沟通，了解各种检查的优缺点，然后做出最适合自己的选择。