若怀疑感染EB病毒，可根据具体症状选择科室。若有发热、咽痛等上呼吸道感染相关表现，可挂呼吸内科；若出现肝脾肿大、肝功能异常等情况，可挂感染科或消化内科；若考虑血液系统相关问题，如疑似传染性单核细胞增多症等，可挂血液内科。
呼吸内科相关情况
当EB病毒感染引发类似普通感冒的上呼吸道症状，像明显咳嗽、鼻塞伴发热、咽痛时，呼吸内科医生会结合查体及相关检查来判断是否由EB病毒感染所致，因为EB病毒感染可能先表现为呼吸道症状。
感染科相关情况
感染科主要诊治各类感染性疾病，EB病毒属于病原体，当患者出现不明原因的长期发热、淋巴结肿大等情况，怀疑是EB病毒感染引起的全身性感染时，感染科医生能利用专业知识进行系统的排查与诊断。
消化内科相关情况
若EB病毒感染影响到消化系统，导致肝功能损害出现乏力、食欲减退、黄疸等表现，或者有肝脾肿大等消化系统相关体征时，消化内科医生可以通过对消化系统相关指标的检查来明确病情。
血液内科相关情况
传染性单核细胞增多症等疾病与EB病毒感染密切相关，该病症可能会累及血液系统，出现血常规异常等血液学改变，此时血液内科医生能够依据血液方面的检查结果来精准判断病情，制定相应诊疗方案。