自身免疫性脑炎部分患者可治愈，但预后情况因个体差异而异。
一、病情较轻且及时干预者
若患者病情较轻，且能在早期及时接受规范治疗，如使用免疫治疗药物等，部分患者可以达到临床治愈，神经系统功能可恢复正常，生活能基本不受影响。
二、病情较重或延误治疗者
对于病情较重的患者，比如出现严重认知障碍、癫痫持续状态等情况，或者延误了治疗时机，可能会遗留不同程度的后遗症，如认知功能减退、运动障碍等，难以完全治愈，但通过后续康复等综合措施可改善症状，提高生活质量。
三、儿童患者情况
儿童自身免疫性脑炎患者，若能早期诊断和治疗，部分可获得较好预后；但儿童处于生长发育阶段，疾病及治疗可能对其神经系统发育产生一定影响，需要密切关注长期预后，及时进行康复等干预。
四、存在基础疾病者
本身有基础疾病的自身免疫性脑炎患者，如合并其他自身免疫性疾病等，治疗相对复杂，预后也会受到基础疾病的影响，需要多学科协作治疗来争取更好预后。