3个月宝宝消化不良，可能与饮食、肠道功能、过敏等有关，可以采取以下措施。
1.调整饮食：如果是母乳喂养，妈妈应注意饮食清淡，避免食用油腻、刺激性食物；如果是人工喂养，可适当减少奶量，增加喂奶次数，同时注意奶粉的冲泡方式，避免产生过多气泡。
2.腹部按摩：以宝宝肚脐为中心，顺时针按摩宝宝腹部，促进肠道蠕动，帮助消化。
3.补充益生菌：益生菌可以调节肠道菌群，改善消化不良症状。可在医生的指导下，给宝宝服用适量的益生菌。
4.就医治疗：如果宝宝消化不良症状严重，如腹泻、呕吐、腹胀等，或持续时间较长，应及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，宝宝的消化系统尚未发育完全，容易出现消化不良的情况。在日常生活中，应注意宝宝的饮食卫生，避免过度喂养，同时要注意观察宝宝的情况，如有异常应及时就医。