女性不来月经时肚子疼，可能与多种因素有关，以下是一些常见的原因：
1.痛经：痛经是一种常见的妇科症状，指行经前后或月经期出现下腹部疼痛、坠胀，伴有腰酸或其他不适。痛经分为原发性痛经和继发性两类，原发性痛经指生殖器官无器质性病变的痛经，占痛经90%以上；继发性痛经指由盆腔器质性疾病引起的痛经。
原发性痛经的发生主要与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关。PGF2α含量升高时，会引起子宫平滑肌过强收缩，血管挛缩，造成子宫缺血、乏氧状态而出现痛经。
继发性痛经则多由子宫内膜异位症、子宫腺肌病等引起。
2.子宫内膜异位症：具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆黏膜以外的部位时，称为子宫内膜异位症。异位的子宫内膜可侵犯全身任何部位，但绝大多数位于盆腔脏器和壁腹膜，以卵巢、宫骶韧带最常见，也可发生于子宫肌层、直肠阴道隔等部位。子宫内膜异位症可导致痛经、性交痛、月经异常等症状。
3.子宫腺肌病：指子宫内膜腺体和间质侵入子宫肌层形成弥漫或局限性的病变，是妇科常见病。子宫腺肌病多发生于30～50岁左右的经产妇，但也可见于年轻未生育的女性，这可能与各种宫腔操作手术增多有一定关系。其主要症状是经量增多、经期延长以及逐渐加重的进行性痛经，疼痛位于下腹正中，常于经前1周开始，直至月经结束。
4.盆腔炎性疾病：指女性上生殖道的一组感染性疾病，主要包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿、盆腔腹膜炎。炎症可局限于一个部位，也可同时累及几个部位，多发生在性活跃期、有月经的妇女。常见症状为下腹痛、阴道分泌物增多，腹痛为持续性，活动或性交后加重。若病情严重，可有寒战、高热、头痛、食欲缺乏等全身症状。
5.其他：不来月经时肚子疼还可能与子宫肌瘤、子宫腺肌瘤、宫颈粘连、处女膜闭锁等疾病有关。
总之，不来月经时肚子疼的原因复杂，需要及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。