一、胚胎因素
胚胎染色体异常是早期胚胎停育最主要的原因，约占50%~60%。染色体异常包括数目异常和结构异常，数目异常以三体（如13-三体、18-三体、21-三体）最为常见，结构异常相对较少，如染色体易位等。这些染色体异常可导致胚胎发育异常，进而引发停胎。
二、母体因素
1.全身性疾病：孕妇患有严重感染（如败血症等）、高热疾病、严重贫血或心力衰竭等，可使胎盘缺血缺氧，影响胚胎正常发育，导致停胎；孕妇患糖尿病且血糖控制不佳时，高血糖环境会干扰胚胎代谢，增加停胎风险。
2.内分泌异常：黄体功能不全可导致孕酮分泌不足，无法维持子宫内膜蜕膜化，影响胚胎着床及发育；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足会影响胚胎的生长发育调控，增加停胎几率；多囊卵巢综合征患者体内激素失衡，也可能与停胎相关。
3.免疫功能异常：自身免疫性疾病（如系统性红斑狼疮等）可产生自身抗体，攻击胎盘组织，导致胎盘血管病变，影响胚胎血供，引发停胎；母胎免疫耐受失衡，如自然杀伤细胞活性过高等，也会干扰胚胎正常发育过程。
4.血栓前状态：孕妇存在易栓症等情况时，胎盘微血管内易形成血栓，阻碍血流灌注，使胚胎因缺血缺氧而发生停胎。
5.子宫解剖异常：子宫畸形（如双角子宫、纵隔子宫等）会影响宫腔形态，使胚胎着床位置异常或空间不足；宫腔粘连可导致子宫内膜容受性降低，不利于胚胎着床及发育，从而增加停胎风险。
三、父亲因素
父亲精子染色体异常可增加胚胎染色体异常的概率，进而导致胚胎发育异常，引发停胎。
四、环境因素
过多接触放射线（如职业性长期接触高剂量射线）、化学物质（如苯、甲醛、农药等），这些环境中的有害物质可损伤胚胎细胞，干扰胚胎正常发育进程，导致停胎发生。