扁桃体切除后可能出现一些后遗症，比如出血，术后24小时内的原发性出血较为常见，发生率约为2%~5%，而继发性出血可能在术后1~2周发生。
咽部干燥不适
局部组织改变： 扁桃体切除后，咽部的正常组织结构被破坏，局部黏膜的分泌功能等会受到影响，导致咽部腺体分泌减少，从而出现干燥不适的感觉。一般来说，这种情况可能会持续数周甚至数月，部分人可能需要较长时间来适应局部的变化。个体差异影响： 不同患者恢复情况不同，有些人身体素质较好，恢复相对快些，咽部干燥不适的时间可能较短；而体质较弱或有其他基础疾病的人，可能持续时间会更长一些。
免疫力短期波动
免疫功能调整： 扁桃体是人体免疫系统的一部分，在儿童时期尤其重要。切除后，短期内人体的局部免疫功能会有一定波动。研究发现，儿童扁桃体切除后的3~6个月内，上呼吸道感染的发生率可能会比术前有所增加，但一般不会对整体免疫力造成永久性的大幅下降。年龄因素差异： 对于儿童来说，因为其免疫系统还在发育阶段，扁桃体切除后免疫功能的调整相对更明显一些；而成年人的免疫系统相对稳定，扁桃体切除后免疫力受影响的程度相对儿童会小一些，但也可能出现短期的上呼吸道感染频率上升情况。
咽干引发的其他问题
刺激性咳嗽： 由于咽部干燥，黏膜感觉神经末梢受到刺激，容易引发刺激性咳嗽。如果长期处于咽干状态，咳嗽可能会反复出现。比如有的患者会在说话过多、进食干燥食物后，咳嗽症状加重，影响日常生活和休息。影响吞咽功能： 咽部干燥可能会在一定程度上影响吞咽功能，使患者在吞咽时感觉不顺畅，尤其是吞咽较干硬的食物时，这种不适感会更明显。不过一般这种情况会随着咽部黏膜的逐渐修复而慢慢改善，但修复时间因人而异，有的可能需要几周，有的可能需要数月。