病毒性感冒发烧反复通常是因为病毒未被彻底清除，人体免疫系统与病毒持续抗争。
病毒特性方面
病毒具有变异性，新变异的病毒可能逃避人体已产生的免疫反应，导致再次引发发烧等症状。而且病毒在体内复制有一定周期，在复制活跃期就会引起发烧反复。
人体免疫状态因素
儿童免疫系统发育尚不完善，应对病毒能力相对较弱，更易出现发烧反复情况；老年人免疫功能衰退，清除病毒能力下降，也容易使病毒性感冒发烧反复。另外，本身患有基础疾病如糖尿病、艾滋病等人群，免疫功能受基础病影响，难以有效控制病毒，从而导致发烧反复。
治疗不彻底缘由
若用药疗程不足，病毒未被完全抑制，就可能在体内再次活跃，引发发烧反复。还有未充分休息、营养摄入不足等情况，会影响身体恢复，使免疫系统不能很好地对抗病毒，造成发烧反复。
环境及生活方式影响
所处环境通风不佳、再次接触病毒源等，会让人体再次感染病毒，引起发烧反复。不良生活方式如过度劳累、熬夜等，会降低身体抵抗力，不利于病情恢复，易导致发烧反复出现。