怀孕40天可以做B超检查。怀孕40天时，孕囊通常已经进入子宫腔，B超检查可以清楚地看到孕囊的位置、大小和形态，从而确定是否为宫内妊娠。此外，B超检查还可以帮助医生了解孕囊的发育情况，排除宫外孕、葡萄胎等异常情况。
需要注意的是，过早进行B超检查可能无法看到孕囊，因为孕囊的发育需要一定的时间。如果没有出现腹痛、阴道流血等异常情况，建议在怀孕6-7周时进行B超检查。如果已经出现了异常情况，如腹痛、阴道流血等，需要及时进行B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况，并采取相应的治疗措施。
此外，在进行B超检查时，需要保持膀胱充盈，以便更好地观察子宫和孕囊。如果膀胱不充盈，可能会影响检查结果的准确性。
总之，怀孕40天可以做B超检查，但需要注意检查的时间和方法。如果对B超检查有任何疑问，建议咨询医生。