生殖器上长小水泡的原因可能有以下几点：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播。感染后会出现簇集性水疱，伴有疼痛、瘙痒等症状。可使用阿昔洛韦、伐昔洛韦等抗病毒药物治疗。
2.生殖器湿疹：可能与过敏、局部刺激等有关。表现为红斑、丘疹、水疱等，伴有瘙痒。可使用炉甘石洗剂、氧化锌软膏等药物治疗。
3.生殖器炎症：如龟头炎、尿道炎等，也可能导致生殖器上长小水泡。可能伴有红肿、疼痛、分泌物增多等症状。需要根据具体病因进行治疗，如使用抗生素、抗真菌药物等。
4.其他原因：如接触性皮炎、药物过敏等也可能引起生殖器上长小水泡。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因，具体情况需要根据个人症状、病史、实验室检查等综合判断。如果出现生殖器上长小水泡的情况，建议及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持局部清洁，避免搔抓，避免不洁性生活。