孕酮低可能由多种原因导致。一般来说，女性黄体功能不全是常见原因之一，比如卵巢黄体发育不全时，就可能使得孕酮分泌不足。另外，内分泌失调也会引发孕酮低，像甲状腺功能异常等情况，可能会干扰激素的正常平衡，从而影响孕酮水平。
黄体功能因素：
卵巢黄体发育异常： 正常情况下，卵巢黄体能够分泌一定量的孕酮。但如果卵巢黄体本身发育出现问题，比如黄体期过短，就会导致孕酮分泌量不足。一般黄体期正常应该在14天左右，如果黄体期短于12天，就可能存在黄体功能不足的情况，进而引起孕酮低。黄体萎缩不全： 黄体萎缩不全时，黄体持续的时间会延长，但是其分泌孕酮的功能却逐渐下降，也会造成孕酮水平偏低。
内分泌系统因素：
甲状腺功能异常： 甲状腺是人体重要的内分泌器官，当甲状腺功能出现亢进或者减退时，都会影响到整个内分泌系统的平衡。例如甲状腺功能减退时，会使得下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能受到影响，从而导致孕酮分泌异常降低。有研究发现，约有一定比例的甲状腺功能异常患者会伴随孕酮低的情况。其他内分泌腺体问题： 像肾上腺等内分泌腺体出现功能紊乱时，也可能间接影响到孕酮的分泌。比如肾上腺皮质功能亢进等情况，会干扰激素之间的正常调节，使得孕酮的合成和分泌受到影响。
疾病因素：
多囊卵巢综合征： 患有多囊卵巢综合征的女性，其卵巢存在排卵障碍，体内的激素水平处于紊乱状态。在这种情况下，孕酮的分泌往往会相对不足。据统计，多囊卵巢综合征患者中约有相当一部分存在孕酮低的情况。高泌乳素血症： 血液中泌乳素水平过高时，会抑制卵巢的排卵功能和黄体功能，进而导致孕酮分泌减少。很多高泌乳素血症患者都会出现月经紊乱以及孕酮低的表现。
生活方式因素：
长期熬夜： 长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常节律。人体的激素分泌是有规律的，熬夜会干扰下丘脑 - 垂体 - 性腺轴的功能，使得孕酮的分泌受到影响。长期熬夜的人相较于作息规律的人，孕酮水平偏低的概率会有所增加。过度减肥： 过度减肥会导致身体的营养摄入不足，尤其是一些与激素合成相关的营养物质缺乏。比如脂肪是合成性激素的重要原料，过度减肥使体内脂肪含量过低时，会影响到孕酮的合成，从而造成孕酮低。