怀孕发生孕酮低的原因包括：一、黄体功能不足，若孕妇整个生理期，尤其是既往有月经周期提前、缩短的情况，则代表黄体功能不足，其孕激素水平会相应降低；二、妊娠过程中有异常，如胎停育、胚胎发育异常、异位妊娠等，可能会使孕激素、HCG水平呈下降趋势；三、可能存在内分泌系统疾病，像甲状腺功能低下等其他内分泌疾病，影响垂体内分泌的调节性腺轴，从而导致孕酮水平下降；四、进行试管婴儿治疗的女性，在取卵阶段孕酮水平通常较低；五、孕妇平时长时间过度劳累且不注意休息也会致使孕酮低。
1.黄体功能不足：黄体是在女性排卵后形成的一种结构，主要功能是分泌孕激素等激素。如果黄体功能不足，就不能很好地分泌孕激素，导致孕激素水平下降。这种情况下，孕妇可能会出现月经周期的异常，比如提前、缩短等。
2.妊娠过程中的异常：当发生胎停育时，胚胎停止发育，不再产生相应的激素，所以孕激素和HCG水平会下降。胚胎发育异常可能导致激素分泌不足。而异位妊娠时，胚胎的位置不正常，也会影响激素的分泌和水平。
3.内分泌系统疾病：甲状腺功能低下会影响身体的新陈代谢和激素平衡，进而干扰性腺轴的正常调节，使得孕酮水平降低。其他内分泌疾病也可能通过类似的机制影响孕酮的分泌。
4.试管婴儿取卵阶段：在试管婴儿过程中，取卵这个环节可能会对卵巢功能产生一定影响，导致孕酮水平在这个阶段比较低。
5.孕妇劳累等因素：孕妇如果长期过度劳累且休息不好，身体的生理机能可能会受到影响，包括激素的分泌和调节，从而引起孕酮水平下降。
孕酮低可能会造成流产，对胎儿的生长发育产生不利影响，所以一旦发现孕酮低，应及时查找原因并积极进行治疗。