低密度脂蛋白低可能由多种原因引起，比如一些疾病因素，像甲状腺功能亢进症，研究表明约有20% - 30%的甲状腺功能亢进症患者会出现低密度脂蛋白降低的情况；还有肝脏疾病，严重的肝脏疾病可能影响脂蛋白的合成，从而导致低密度脂蛋白水平下降。
饮食方面的原因
长期低脂饮食： 如果长时间摄入的脂肪量过少，身体合成低密度脂蛋白的原料不足，就会导致低密度脂蛋白水平降低。比如有些人减肥时过度控制脂肪摄入，长期只吃蔬菜、水果等低脂肪食物，就可能出现这种情况。营养不良： 当身体处于营养不良状态时，蛋白质等营养物质摄入不足，也会影响低密度脂蛋白的合成，进而使低密度脂蛋白水平降低。例如长期偏食、挑食的人，营养摄入不均衡，就容易出现这种情况。
药物影响
某些降脂药物： 一些用于降低血脂的药物，特别是强效的降脂药物，可能会导致低密度脂蛋白降低。比如他汀类药物，在发挥降脂作用时，有可能使低密度脂蛋白水平下降，但这是药物的治疗作用之一。不过在用药过程中需要密切监测血脂变化。其他药物： 某些抗氧化剂等药物也可能对低密度脂蛋白水平产生影响，不过相对来说这种情况比较少见，但也需要关注用药史来判断是否与药物有关。
遗传因素
家族性低β脂蛋白血症： 这是一种遗传性疾病，由于基因突变等原因，导致身体对低密度脂蛋白的代谢出现异常，使得低密度脂蛋白水平明显低于正常人。这种情况比较罕见，但如果家族中有类似疾病史，就要考虑遗传因素导致低密度脂蛋白低的可能。