子宫内膜异位症的治疗需根据患者年龄、症状、病变部位及范围等综合考虑，常见治疗方法包括药物治疗和手术治疗等。一般来说，药物治疗常用非甾体抗炎药等缓解疼痛，手术治疗则有保守性手术、半根治性手术等。
药物治疗方式
非甾体抗炎药： 像布洛芬等，可缓解轻至中度的疼痛，通过抑制体内前列腺素合成来发挥作用，能在一定程度上减轻子宫内膜异位症引起的痛经等症状，但不能根治疾病。激素类药物： 达那唑可抑制垂体促性腺激素的合成和释放，直接抑制卵巢甾体激素的合成，使子宫内膜萎缩，导致患者短暂闭经，不过可能会引起体重增加、痤疮等副作用。孕三烯酮也是一种合成的19-去甲睾酮衍生物，有抗孕激素、抗雌激素和抗性腺效应，能使异位内膜萎缩、吸收。
手术治疗情况
保守性手术： 适用于有生育要求的年轻患者。手术尽量切除病灶，保留子宫和一侧或双侧卵巢。比如对于卵巢子宫内膜异位囊肿，可行囊肿剥除术，但术后有复发的可能，据统计复发率在40%左右。半根治性手术： 适用于无生育要求、症状明显且年龄在45岁以下的患者。切除子宫和一侧或双侧附件及盆腔内所有可见的异位内膜病灶。可以较为彻底地去除病灶来源，但会影响患者内分泌功能，导致提前进入更年期症状。根治性手术： 适用于年龄在45岁以上、病情严重的患者，将子宫、双侧附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除，术后患者基本不会再有月经和相关症状，但对身体影响较大。
其他治疗手段
期待治疗： 适用于无症状或症状轻微的患者，一般是定期随访，密切观察病情变化。对于轻度子宫内膜异位症患者，尤其是近绝经期的女性，可选择期待治疗，每6-12个月复查一次，了解病情有无进展。聚焦超声治疗： 是一种新兴的治疗方式，利用超声波的能量聚焦于病灶处，使病灶组织坏死，从而达到治疗目的。该方法对身体的创伤相对较小，但目前还处于不断发展和完善阶段，其长期疗效和安全性还需要更多临床数据来验证。