月经干净三天后同房出血可能由多种疾病引起，以下是一些可能的原因：
1.宫颈炎：宫颈炎可导致宫颈表面的血管破裂，引起同房后出血。此外，还可能伴有白带异常、下腹坠胀等症状。
治疗方法：通常采用药物治疗，如外用栓剂、口服抗生素等。严重的宫颈炎可能需要物理治疗或手术治疗。
2.子宫内膜息肉：子宫内膜息肉是一种常见的妇科疾病，息肉表面的血管丰富，容易在同房时破裂出血。常伴有月经间期出血、腹痛等症状。
治疗方法：息肉较小且无明显症状时，可定期复查；息肉较大或引起明显症状时，通常需要进行宫腔镜下息肉切除术。
3.宫颈癌：宫颈癌早期可能无明显症状，但在同房后可能出现出血。此外，还可能伴有阴道分泌物增多、异味等症状。
治疗方法：宫颈癌的治疗方法主要包括手术、放疗、化疗等，具体治疗方案取决于肿瘤的分期和患者的身体状况。
4.其他原因：子宫内膜异位症、子宫肌瘤、功能性子宫出血等也可能导致同房后出血。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要通过详细的妇科检查、B超等辅助检查来明确诊断。如果出现同房后出血，应及时就医，以便早期发现和治疗潜在的疾病。此外，定期进行妇科检查也是预防妇科疾病的重要措施。