月经干净三天同房出血可能由多种原因引起。一般来说，这种情况可能与宫颈病变、子宫内膜病变等有关。比如，宫颈息肉就可能导致这种情况，据统计，宫颈息肉在妇科门诊中较为常见。
宫颈方面的原因
宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，由于宫颈管黏膜局部增生，形成息肉样赘生物。同房时息肉受到刺激，容易引起出血。息肉大小不一，小的如米粒，大的可达到1厘米左右。宫颈炎：急性宫颈炎可能导致宫颈黏膜充血，同房时摩擦容易出血。慢性宫颈炎也可能存在类似情况，长期的炎症刺激使得宫颈组织变得脆弱。
子宫方面的原因
子宫内膜炎：子宫内膜炎是子宫内膜的炎症，炎症状态下的子宫内膜在同房刺激后可能出现出血。子宫内膜炎可能由细菌感染等引起，患病后可能伴有下腹部疼痛等症状。子宫内膜息肉：子宫内膜息肉是子宫局部内膜过度生长所致，由数根细蒂形成的息肉叫分散型，而呈单发、直径超过1cm的有蒂息肉叫单发型。同房时息肉受到触碰容易出血。
其他可能原因
排卵期出血：有时候月经干净三天可能接近排卵期，部分女性在排卵期会出现少量阴道出血，这是因为排卵后雌激素水平短暂下降，子宫内膜失去激素支持而出现部分脱落，引起少量出血，这种出血一般量较少，持续1~3天左右。节育环影响：如果女性放置了节育环，节育环可能会对子宫内膜产生刺激，导致同房后出血。有些女性在放置节育环后的前几个月可能会出现这种情况。