胚胎发育不好可能由多种原因引起。据相关研究，约50% - 60%的早期胚胎发育不好与染色体异常有关。
一、遗传因素导致
染色体异常： 父母双方任何一方的染色体存在数目或结构的异常，都可能传递给胚胎，从而影响胚胎正常发育。比如常见的21 - 三体综合征等染色体数目异常疾病，会极大增加胚胎发育不好的风险。基因缺陷： 某些单基因的缺陷也可能干扰胚胎的正常发育过程，虽然此类情况相对染色体异常发生率低，但也是重要因素之一。
二、母体因素影响
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎发育至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，约有30% - 40%的早期流产与黄体功能不全有关，这就间接影响胚胎发育。子宫异常： 子宫是胚胎着床和生长的场所，如果存在子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，或者有子宫肌瘤、子宫内膜息肉等病变，都会影响胚胎的着床和发育空间，导致胚胎发育不好的几率增加。
三、外界不良因素作用
环境因素： 长期接触有害的化学物质，像苯、甲醛等，或者处于高辐射环境中，都会对胚胎发育产生不良影响。例如，在辐射剂量超过一定阈值时，胚胎发生发育异常的风险会明显升高。不良生活习惯： 孕妇长期吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会通过胎盘影响胚胎，干扰胚胎细胞的分裂和分化过程，增加胚胎发育不好的可能性。