三个月流产是否会疼，取决于所选择的流产方式。以下是对不同流产方式的具体分析：
1.药流：药流适合于怀孕49天内的女性。药流通过药物使子宫蜕膜变性坏死、宫颈软化，然后子宫收缩，迫使胚胎排出。药流过程中，女性可能会感到下腹部疼痛，但通常可以忍受。药流的成功率相对较低，如果药流不完全，可能需要进行清宫手术。
2.普通人工流产：普通人工流产是在无麻醉镇痛的情况下，通过扩张宫颈，用负压吸引的方法将胚胎吸出。手术过程中，女性会感到明显的疼痛，通常需要进行局部麻醉或全身麻醉。
3.无痛人工流产：无痛人工流产是在普通人工流产的基础上，通过静脉注射麻醉药物，使女性在手术过程中处于睡眠状态，从而减轻疼痛。无痛人流的手术过程与普通人流相同，但女性在手术过程中不会感到疼痛。
需要注意的是，流产对女性的身体和心理都会造成一定的影响。无论是药流还是人工流产，都可能引起出血、感染、子宫穿孔等并发症。因此，在决定流产前，女性应该慎重考虑，并在医生的指导下选择适合自己的流产方式。同时，流产后女性需要注意休息，加强营养，避免劳累和着凉，保持外阴清洁，一个月内禁止性生活和盆浴。如果出现发热、腹痛、阴道流血过多等异常情况，应及时就医。
此外，对于一些特殊人群，如患有某些疾病的女性、多次流产的女性等，流产的方式和风险可能会有所不同。因此，在进行流产前，医生会对女性进行详细的身体检查和评估，以确保流产的安全性和有效性。同时，医生也会提供相应的心理支持和指导，帮助女性度过这个特殊的时期。