新生儿尿路感染多由细菌感染引起，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占80%~90%。
解剖结构因素
尿道短且宽： 新生儿尤其是女婴，尿道较短且宽，距离肛门较近，肛门周围的细菌容易侵入尿道引发感染。女婴尿道长度仅1厘米左右，相比成人尿道短很多，这使得细菌更容易上行感染膀胱、肾脏等部位。男婴也有风险： 男婴虽然尿道相对长些，但如果存在包皮过长、包茎等情况，也容易藏污纳垢，增加细菌滋生和感染的机会。
先天尿路畸形
肾盂输尿管连接处狭窄： 这是比较常见的先天尿路畸形之一，会导致尿液排出不畅，尿液在肾脏内积聚，为细菌滋生创造了有利条件，从而引发尿路感染。据统计，约有10%~15%的新生儿尿路感染与先天尿路畸形相关。膀胱输尿管反流： 正常情况下，尿液从肾脏经输尿管流入膀胱是单向的，但如果存在膀胱输尿管反流，尿液会从膀胱反流回输尿管甚至肾脏，使得细菌容易在泌尿系统内定植繁殖，引发反复感染。
医源性因素
导尿操作： 在新生儿重症监护病房等情况下，有时需要进行导尿操作，如果导尿过程中无菌操作不严格，就可能将外界细菌引入尿道，导致尿路感染。有研究表明，短期导尿（<7天）的新生儿尿路感染发生率约为5%~10%，长期导尿（>7天）发生率会显著升高。泌尿系统器械检查： 如进行肾盂造影等泌尿系统器械检查时，也可能损伤尿路黏膜，破坏泌尿系统的防御屏障，增加细菌感染的可能性。