12岁女孩月经不正常可能是正常的生理现象，也可能是由疾病引起的。如果女孩月经初潮1~2年内，周期不规律属于正常现象，一般可自行恢复。如果女孩月经周期、经期、经量出现异常，或伴有其他症状，可能是由疾病引起的，需要及时就医，明确病因。具体分析如下：
1.正常的生理现象：女孩在12岁时，下丘脑-垂体-卵巢轴激素间的反馈调节尚未成熟，大脑中枢对雌激素的正反馈作用存在缺陷，FSH呈持续低水平，无促排卵性LH峰出现，导致卵巢不能排卵，故可能出现月经周期、经期、经量异常。这种情况属于正常的生理现象，一般无需治疗，随着年龄的增长，月经会逐渐规律。
2.疾病：
全身性疾病：如血液病、高血压、肝病、内分泌病、流产、宫外孕、葡萄胎、生殖道感染、肿瘤（如卵巢肿瘤、子宫肌瘤）等，均可引起月经失调。
下丘脑-垂体-卵巢轴功能尚未健全：如果女孩长期精神压抑、紧张、忧虑、环境改变、过度劳累、寒冷刺激、营养不良等，可能会影响中枢神经系统的调节功能，导致下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱，从而引起月经失调。
其他：如处女膜闭锁、子宫颈口狭窄、子宫发育不良、子宫内膜结核、子宫内膜息肉、子宫内膜异位症等，也可能会导致月经失调。
患者在治疗期间需要注意保持良好的生活习惯，避免过度劳累、熬夜、精神紧张等。可适当食用富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，如鸡蛋、牛奶、苹果、香蕉等，避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒、生姜等。
总之，12岁女孩月经不正常可能是正常的生理现象，也可能是由疾病引起的。如果女孩月经异常持续时间较长或伴有其他不适症状，建议及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。