退烧后头疼可能是多种原因导致的。一般来说，退烧后身体处于恢复阶段，机体代谢、内环境等还未完全调整好，大约有30% - 50%的人退烧后会出现头疼情况。
身体脱水导致头疼
水分补充不足： 退烧过程中身体会通过出汗等方式散热，若退烧后没有及时补充水分，身体处于脱水状态，就容易引发头疼。一般建议退烧后每小时至少补充100 - 200毫升的温水。血液浓缩影响： 脱水会使血液浓缩，血液循环受到一定影响，脑部供血可能相对不足，从而导致头疼。这时候及时补充水分能缓解部分因脱水引起的头疼。
炎症反应未完全消退
炎症介质残留： 退烧前身体遭受感染等情况引发发热，体内会释放一些炎症介质，虽然体温下降，但这些炎症介质可能还未完全从体内清除，它们可能会刺激头部神经，引起头疼。比如病毒感染后，体内的一些细胞因子等炎症相关物质短时间内还存在，就可能导致头疼持续。脑血管反应： 发热时脑血管会有一定程度的扩张，退烧后脑血管可能还未完全恢复到正常的收缩舒张状态，这种血管的不稳定状态也会引发头疼。一般这种情况会随着身体进一步恢复在1 - 2天内逐渐缓解。
神经功能调节紊乱
自主神经失衡： 发热时自主神经系统功能受到影响，退烧后自主神经功能需要重新调整恢复平衡。比如交感神经和副交感神经的调节出现紊乱，就可能导致头疼。例如发热时交感神经兴奋，退烧后交感神经一时难以恢复到正常的抑制 - 兴奋平衡状态，就可能引起头疼。大脑神经递质变化： 发热过程中大脑内的神经递质水平会发生改变，退烧后神经递质需要重新调整到正常状态，在这个调整过程中可能会出现头疼症状。像5 - 羟色胺等神经递质的变化都可能与退烧后头疼有关。