咬合关节疼能否自愈，取决于具体病因。一般来说，如果是轻微的咬合关节疼，且病因可以消除，如缓解压力、改善咬合习惯等，那么疼疼可能会自愈。但是，如果病因持续存在，如咬合不正、关节炎等，咬合关节疼可能不会自愈，需要进行相应的治疗。
具体分析如下：
1.咬合不正：咬合不正可能导致咬合关节受力不均，长期如此可能会引起炎症，导致咬合关节疼。这种情况下，需要进行正畸治疗，调整咬合关系，以缓解疼疼。
2.关节炎：咬合关节关节炎是一种常见的疾病，可能与年龄增长、创伤、炎症等因素有关。关节炎会导致关节软骨磨损、破坏，从而引起疼疼、肿胀等症状。治疗方法包括药物治疗、物理治疗、手术治疗等，具体治疗方法需要根据病情的严重程度来选择。
3.其他原因：咬合关节疼还可能与外伤、牙齿缺失、精神因素等有关。例如，外伤可能导致咬合关节损伤，引起疼疼；牙齿缺失可能导致咬合关系改变，引起关节疼疼；长期精神紧张、焦虑等情绪可能导致肌肉紧张，引起咬合关节疼。
患者在治疗期间需要注意以下几点：
1.避免过度使用咬合关节，如避免咬硬物、张大嘴等。
2.保持良好的口腔卫生，定期洗牙。
3.饮食方面，避免食用辛辣、刺激性食物，避免饮酒、吸烟等。
总之，咬合关节疼能否自愈需要根据具体情况来判断。如果疼疼持续时间较长或症状加重，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据医生的建议进行治疗。