低位肛瘘切除术的费用一般在5000-10000元左右，具体费用与肛瘘的具体情况、手术方式、麻醉方式、医院级别等因素有关。
肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，主要由肛管直肠周围脓肿引起，可发生于任何年龄，但多见于青壮年男性。低位肛瘘是指瘘管位于外括约肌深部以下，可通过瘘管切开术或肛瘘切除术进行治疗。瘘管切开术的优点是操作简单，出血少，缺点是术后换药时疼痛剧烈，愈合时间长。肛瘘切除术的优点是可以彻底切除瘘管，术后疼痛较轻，缺点是手术创伤较大，出血较多。
需要注意的是，手术费用只是治疗肛瘘的一部分，还包括术前检查、术后换药、麻醉费用等。此外，不同地区、不同级别的医院收费标准也可能存在差异。因此，具体费用需要咨询当地医院。