低位肛瘘切除术的费用一般在5000~15000元左右，但具体费用会受到多种因素影响。
影响手术费用的医院因素
不同等级医院： 三甲医院的低位肛瘘切除术费用通常相对较高，可能在10000~15000元左右，因为三甲医院设备先进、医疗技术水平高、专家资源丰富。而一些基层医院的费用可能相对低些，大概在5000~8000元。医院所在地区： 经济发达地区的医院，如一线城市的医院，低位肛瘘切除术费用可能会偏高，可能在12000~15000元；而经济相对欠发达地区的医院，费用可能在5000~10000元。
影响手术费用的患者自身因素
病情严重程度： 如果低位肛瘘的情况较为复杂，瘘管分支较多等，手术难度会增加，费用也会相应提高，可能达到12000元以上；如果病情相对简单，费用可能在5000~9000元。术后恢复情况： 若患者术后恢复顺利，没有出现并发症等情况，费用主要就是手术本身的费用；但如果术后出现感染等并发症，需要额外增加抗感染等治疗费用，可能使总费用增加2000~5000元甚至更多。
手术前的准备费用
术前检查费用： 术前需要进行血常规、凝血功能、传染病筛查（如乙肝、丙肝、艾滋病、梅毒等）、心电图、肛门指诊、肛门镜等检查，这些检查费用大概在500~1000元左右。术前准备的用药费用： 可能需要使用一些肠道准备的药物等，费用大概在100~300元。