甲硝唑是一种抗生素药物，对大多数厌氧菌具强大抗菌作用。临床主要用于治疗或预防上述厌氧菌引起的系统或局部感染，如腹腔、消化道、女性生殖系、下呼吸道、皮肤及软组织、骨和关节等部位的厌氧菌感染，对败血症、心内膜炎、脑膜感染以及使用抗生素引起的结肠炎也有效。治疗破伤风常与破伤风抗毒素（TAT）联用。还可用于口腔厌氧菌感染。
需注意，该药可引起胃肠道反应，如恶心、食欲减退、呕吐、腹泻、腹部不适、味觉改变、口干、口腔金属味等。神经系统症状有头痛、眩晕、嗜睡、感觉异常、肢体麻木、共济失调和多发性神经炎等。少数病例发生荨麻疹、潮红、瘙痒、膀胱炎、排尿困难、口中金属味及白细胞减少等，均属可逆性，停药后自行恢复。
另外，有活动性中枢神经系统疾患和血液病者禁用。孕妇及哺乳期妇女禁用。饮酒后可能出现腹痛、呕吐、头痛等症状。用药期间应戒酒。