停经40天通常可以做B超，但具体情况需因人而异。
对于平素月经规律的女性（月经周期为28-30天），停经35天时，B超可在宫腔内看到孕囊；停经42天时，B超可看到胎芽和胎心搏动。因此，如果平时月经规律，停经40天可以做B超，主要目的是确定是否为宫内妊娠，排除异位妊娠（宫外孕）。
然而，对于月经不规律的女性，受孕时间较晚，过早做B超可能无法看到孕囊。此时，医生可能会建议先查血HCG和孕酮，根据结果综合判断，并在合适的时间复查B超。
此外，即使停经40天做B超看到了孕囊，也不能完全排除宫外孕的可能。因为孕囊的位置可能会随着孕周的增加而发生变化，所以需要在后续的产检中密切观察。
需要注意的是，B超检查对胎儿是安全的，但也不需要过度频繁地进行。一般在孕早期（停经12周之前）做1-2次B超即可，如有异常情况，则需要遵医嘱增加检查次数。
总之，停经40天是否可以做B超，需要结合个体情况而定。建议在医生的指导下，选择合适的检查时间和方法。同时，在孕期中，应保持良好的生活习惯，按时产检，如有异常及时就医。