停经40天可以做B超。B超检查可以帮助医生确定孕囊的位置和大小，排除宫外孕的可能，同时还可以观察胎芽和胎心的发育情况。如果平时月经周期规律，一般停经35天左右就可以看到孕囊，停经40天做B超检查是比较合适的。
但需要注意的是，B超检查也有一定的局限性，可能会受到孕囊位置、大小、憋尿情况等因素的影响，导致结果不准确。如果停经40天做B超检查看不到孕囊，也不要过于担心，可以在一周后复查，或者通过查血HCG来确诊是否怀孕。
此外，以下这些人群需要特别注意：
有宫外孕史的女性：如果曾经有过宫外孕的病史，再次怀孕后需要及时进行B超检查，以排除宫外孕的可能。
腹痛或阴道流血的女性：如果停经后出现腹痛或阴道流血，需要及时进行B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
有其他疾病的女性：如果患有子宫肌瘤、卵巢囊肿等疾病，需要在怀孕前进行检查，以了解病情的严重程度，并在医生的指导下进行治疗。
总之，停经40天可以做B超检查，但需要根据个人情况选择合适的检查时间和方法。如果对检查结果有任何疑问，建议及时咨询医生。