治疗功能性消化不良的药物有很多，以下是一些效果较好的药物：
1.抑酸药：如奥美拉唑、兰索拉唑等，这类药物可以抑制胃酸分泌，减轻胃酸对胃黏膜的刺激，从而缓解消化不良的症状。
2.促胃肠动力药：如多潘立酮、莫沙必利等，这类药物可以增强胃肠道蠕动，促进食物消化，缓解腹胀、腹痛等症状。
3.消化酶制剂：如复方消化酶、胰酶肠溶片等，这类药物可以补充人体所需的消化酶，促进食物消化吸收，缓解消化不良症状。
4.胃黏膜保护剂：如硫糖铝、枸橼酸铋钾等，这类药物可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，减轻胃酸和胃蛋白酶对胃黏膜的损伤，促进胃黏膜修复。
5.抗抑郁药：如阿米替林、氟西汀等，这类药物可以调节胃肠道运动和分泌功能，对于伴有焦虑、抑郁等精神心理症状的功能性消化不良患者有一定疗效。
需要注意的是，每个人的病情和体质不同，对药物的反应也可能不同。因此，在选择药物时，应根据个人情况在医生的指导下进行。此外，除了药物治疗外，还应注意调整饮食结构，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，保持良好的生活习惯和心态。